Cổ Loa hiện nay là một trong 24 xã, thị trấn thuộc huyện Đông Anh, thành phố Hà Nội. Huyện Đông Anh được thành lập từ năm Tự Đức thứ 29 (1876) trên cơ sở các tổng Cổ Loa, Tuân Lệ và Xuân Canh của huyện Đông Ngàn, phủ Từ Sơn; 3/10 xã thuộc tổng Phương La (trước là Hương La) của huyện Yên Phong, phủ Từ Sơn; tổng Đông Đồ và 5/14 xã thuộc tổng Phù Lỗ của huyện Kim Anh (trước là Kim Hoa), phủ Thiên Phúc (trước là Bắc Hà), đều thuộc tỉnh Bắc Ninh. Vùng Cổ Loa hiện nay thuộc huyện Đông Ngàn. Như vậy, Cổ Loa vốn thuộc huyện Đông Ngàn trước thời điểm lập huyện Đông Anh, phủ Từ Sơn, tỉnh Bắc Ninh.
Từ khoảng mấy ngàn năm cách ngày nay, bên dòng sông Hoàng Giang đã xuất hiện những làng định cư. Mỗi làng gọi là một “Chạ”, Cổ Loa ngày ấy mang tên “làng Chủ”, “Kẻ Chủ” hay “Chạ Chủ”. Khi mà Cổ Nhuế được gọi là “Kẻ Noi”, Hoàng Mai gọi là “Kẻ Mơ”, Từ Liêm gọi là “Kẻ Chèm”, Yên Lãng gọi là “Kẻ Láng” thì Cổ Loa gọi là “Kẻ Chủ”. Sách An Nam chí lược đời Trần (1333) gọi Cổ Loa là Khả Lũ. Và, sau này nếu Kẻ Chủ của Bình Lục (Hà Nam) gọi là Ngọc Lũ thì Kẻ Chủ (Cổ Loa) được gọi là “trang Kim Lũ”.
Thời thuộc Triệu (Đà), Cổ Loa thuộc huyện Phong Khê, quận Giao Chỉ. Sau khi đánh bại An Dương Vương (179 TCN), Triệu Đà đóng quân một thời gian ở thành Chủ để tổ chức việc cai trị đất Âu Lạc. Bắt chước chế độ nhà Tần, nhà Hán, chia đất nước Âu Lạc thành quận huyện (có 2 quận Giao Chỉ ở Bắc Bộ và Cửu Châu: Thanh Nghệ Tĩnh) và sáp nhập Âu Lạc vào bản đồ Nam Việt. Cổ Loa nằm trong lãnh thổ của huyện Tây Vu của quận Giao Chỉ.
Năm 137 TCN, Triệu Đà chết, cháu là Triệu Hồ nối ngôi làm Nam Việt Vương. Năm 111 TCN, nhà Hán diệt Nam Việt. Từ đó Âu Lạc bị chuyển từ nhà Triệu sang nhà Hán. Nhà Hán lấy đất Việt chia làm 9 quận là: Nam Hải, Thương Ngô, Uất Lâm, Hợp Phố, Giao Chỉ, Cửu Chân, Nhật Nam, Châu Nhai, Đạm Nhĩ.
Năm 43, khi Mã Viện đem quân sang đàn áp Trưng Vương, thành Chủ trở thành một căn cứ chống quân xâm lược. Sau khi lật đổ chính quyền Trưng Vương - vốn đang còn trứng nước, dìm cuộc khởi nghĩa của nhân dân ta trong bể máu, Mã Viện tâu lên vua rằng: “Huyện Tây Vu có 33.000 hộ, xin chia làm hai huyện Phong Khê và Vọng Hải. Hán đế nghe theo”. Thành cũ của An Dương Vương từ nay nằm trong bờ cõi huyện Phong Khê (truyền thuyết cho rằng xóm Gà - xã Cổ Loa xưa là trại Phong Khê).
Đến cuối thế kỉ VI - đầu thế kỉ VII, bấy giờ dưới thời nhà Tiền Lý, Lý Nam Đế đánh đuổi tên thứ sử Tiêu Tư của nhà Đường, giành quyền độc lập. Lý Nam Đế đóng đô ở Long Biên, sau dời về đất Vũ Ninh (Quế Võ - Hà Bắc) nhường dải đất phía tây cho Lý Phật Tử. Lý Phật Tử đóng đô ở thành cũ của vua Việt- tức là thành Cổ Loa. Để đối phó với âm mưu xâm lược của phong kiến nhà Tuỳ, Lý Phật Tử sai sửa sang lại thành Cổ Loa làm căn cứ chính, bảo vệ được nền độc lập trong 32 năm. Đến năm 602 bị phong kiến nhà Tuỳ rồi nhà Đường xâm lược và đô hộ. Cổ Loa lúc đó thuộc đất huyện Phong Châu.
Sau gần ngàn năm bền bỉ đấu tranh chống ách đô hộ và đồng hoá của phong kiến phương Bắc, nhân dân ta dưới sự lãnh đạo của Ngô Quyền đã đưa đất nước vĩnh viễn thoát khỏi ách đô hộ của phong kiến phương Bắc vào năm 938. Từ đây, độc lập đân tộc lại được phục hưng. Để tỏ ý nối tiếp “quốc thống xưa” của An Dương Vương - người sáng lập nước Âu Lạc, Ngô Quyền đã quyết định đóng đô ở Cổ Loa thành. Thành Cổ Loa một lần nữa trở thành trung tâm chính trị của cả nước trong buổi đầu tự chủ.
Thế kỷ X, sau khi “nhà Ngô thất tán”, Cổ Loa mất đi vị trí “quốc đô” trở thành trang Kim Lũ (từ thế kỷ XI đến thế kỷ XV) thuộc huyện Đông Ngàn.
Thời Trần và đầu thời Lê, Cổ Loa từ trang Kim Lũ đổi thành trang Cổ Loa thuộc huyện Yên Phong - phủ Từ Sơn - trấn (xứ) Kinh Bắc. Xã Cổ Loa khi ấy là một trong “bát xã” thuộc tổng Cổ Loa, có kết cấu theo kiểu “nhất xã nhất thôn”, dưới xã là xóm (không có thôn như các xã khác), bao gồm 9 xóm: xóm Chùa, xóm Chợ, xóm Dõng (Dõng Trên và Dõng Dưới), xóm Nhồi Trên (Viên Lôi Thượng), xóm Nhồi Dưới (Viên Lôi Hạ), xóm Vang, xóm Thượng, xóm Hương, xóm Gà.
Đến năm 1704, xóm Mít cùng trại xóm Vang và xóm Bãi được sáp nhập vào Cổ Loa. Đến khoảng sau thời nhà Mạc, thì xóm Lan Trì được thành lập. Như vậy, sau thời nhà Mạc xã Cổ Loa bao gồm 11 xóm (như đã liệt kê ở trên, cộng với 2 xóm: xóm Mít và xóm Lan Trì).
Sang đến thời nhà Nguyễn, Cổ Loa là một trong bát xã thuộc tổng Cổ Loa huyện Đông Ngàn - phủ Từ Sơn - trấn (xứ) Kinh Bắc. Năm 1832 với cải cách của vua Minh Mệnh, xứ Kinh Bắc đổi tên thành tỉnh Bắc Ninh.
Theo sách Tên làng xã Việt Nam nửa đầu thế kỉ XIX thì cuối đời Lê đầu thời Nguyễn: “Tổng Cổ Loa thuộc huyện Đông Ngàn, phủ Từ Sơn xứ Kinh Bắc. Tổng Cổ Loa có 8 xã: Cổ Loa, thôn Thư Cưu thuộc xã Lương Quán, Đường An, Lỗ Giao, Lương Quy, Dục Nội, Gia Lộc, Lương Quán (nay thuộc xã Cổ Loa là hai xã Cổ Loa và Thư Cưu).
Tổng Xuân Canh thuộc huyện Đông Ngàn, phủ Từ Sơn xứ Kinh Bắc. Tổng Xuân Canh có 11 xã, thôn: Xuân Canh, Uy Nỗ Thượng, thôn Cầu Kỳ thuộc xã Uy Nỗ Thượng, Vạn Lộc, thôn Văn Thượng thuộc xã Lực Canh, thôn Quán thuộc xã Lực Canh, Mạch Tràng, thôn Cát Lại thuộc xã Phúc Lộc, thôn Lại Nghĩa thuộc xã Phúc Lộc, Xuân Trạch, Kinh Nỗ (nay thuộc xã Cổ Loa có thôn Cầu Kỳ - sau đổi thành Cầu Cả và thôn Mạch Tràng).
Trong Đồng Khánh địa dư chí có ghi chép về các đơn vị hành chính của tổng Cổ Loa như sau:
“ Tổng Cổ Loa, 8 xã, thôn:
1. Xã Cổ Loa
2. Xã Lỗ Giao
3. Xã Lương Quy
4. Xã Đường An
5. Xã Gia Lộc
6. Xã Dục Nội
7. Xã Lương Quán
8. Thôn Thư Cưu xã Lương Quán”
Như vậy, so với đơn vị hành chính hiện nay của xã Cổ Loa ta thấy:
Làng Cổ Loa (Chạ Chủ) là một xã độc lập thuộc tổng Cổ Loa, bao gồm 11 thôn xóm.
Làng Thư Cưu là một thôn độc lập của xã Lương Quán (bao gồm 2 thôn: Lương Quán và Thư Cưu). Đầu thế kỉ XIX được nâng lên thành một xã độc lập.
Làng Cầu Cả (hay Cầu Kì) là một thôn độc lập của xã Uy Nỗ Thượng thuộc tổng Xuân Canh.
Làng Sàn Dã (hay làng Sằn) là một thôn thuộc xã Vạn Lộc, tổng Xuân Canh.
Làng Mạch Tràng (hay Mạch Dương) là một xã độc lập thuộc tổng Xuân Canh.
Các thôn trên đều thuộc huyện Đông Ngàn - phủ Từ Sơn - tỉnh Bắc Ninh. Năm Tự Đức 29 (1876) tổng Cổ Loa và 2 tổng Tuân Lệ, Xuân Canh được tách khỏi huyện Đông Ngàn, cùng với một số tổng của 2 huyện Kim Anh, Yên Phong để thành lập huyện Đông Anh, thuộc phủ Từ Sơn, tỉnh Bắc Ninh.
Khoảng năm đầu niên hiệu Thành Thái (1889) huyện Đông Anh đổi tên thành huyện Đông Khê. Đến ngày 10/04/1903 trở lại tên cũ là Đông Anh. Từ tháng 10/1901, huyện Đông Anh thuộc tỉnh Phủ Lỗ mới được thành lập. Đến tháng 2/1904 tỉnh này đổi tên thành tỉnh Phúc Yên. Từ tháng 3/1913 đổi tên thành Đại lý Phúc Yên thuộc tỉnh Phúc Yên. Đến tháng 3/1923 trở lại thành tỉnh Phúc Yên như cũ.
Cách mạng Tháng Tám thành công, các làng xã trên lập Uỷ ban nhân dân lâm thời riêng. Sau cuộc bầu cử Hội đồng nhân dân cấp xã vào tháng 1/1946, các làng trên hợp thành một xã mang tên Thục Vương thuộc huyện Đông Anh - tỉnh Phúc Yên.
Ngày 17/06/1949 Uỷ ban kháng chiến hành chính Liên khu I ra Quyết định 361 PC/1 hợp nhất xã Thục Vương với xã Đạt Tam, các thôn Cầu Cả, Đài Bi của xã Uy Sơn thành xã Hồng Lạc. Xã này gồm các thôn (làng) sau:
1. Cổ Loa
2. Cầu Cả
3. Mạch Tràng
4. Lực Canh
5. Văn Thượng
6. Vạn Lộc
7. Xuân Canh
8. Xuân Trạch
9. Đài Bi
10. Thư Cưu
Đến ngày 10/11/1949 Uỷ ban kháng chiến hành chính Liên khu I ra Quyết định số 968 PC/2 đổi tên xã Hồng Lạc thành xã Độc Lập. Từ năm 1950, xã Cổ Loa huyện Đông Anh thuộc tỉnh Vĩnh Phúc.
Sau cải cách ruộng đất (năm 1954) xã Độc Lập đổi tên thành xã Quyết Tâm gồm các thôn: Cổ Loa, Cầu Cả, Đài Bi, Mạch Tràng, Sàn Dã, Thư Cưu.
Ngày 20/04/1960, Quốc hội khoá II kì họp thứ II ra Nghị quyết về việc mở rộng thành phố Hà Nội. Thực hiện nghị quyết này, ngày 31/05/1961 Hội đồng Chính phủ ra quyết định 78/CP về việc tổ chức các đơn vị hành chính của thủ đô Hà Nội. Theo đó, xã Quyết Tâm cùng 22 xã khác của huyện Đông Anh được chuyển về Hà Nội.
Năm 1965, xã Độc Lập đổi tên thành xã Cổ Loa gồm 6 thôn (như trên). Đến năm 1974 theo quyết định số 23 - BT của Bộ trưởng phủ Thủ tướng (11/03/1974) thôn Đài Bi tách khỏi xã Cổ Loa và sát nhập vào xã Uy Nỗ.
Từ sau năm 1974 cho đến ngày nay xã Cổ Loa bao gồm 5 làng (thôn):
1. Làng Cổ Loa (bao gồm 11 thôn xóm)
2. Thư Cưu
3. Cầu Cả
4. Mạch Tràng
5. Sằn Giã
Như vậy, sau hơn 60 năm dân số của 5 thôn đã tăng lên đáng kể và do yêu cầu quản lý trong điều kiện mới, các xóm của làng Cổ Loa được nâng lên thành một thôn, có xóm được nhập với xóm hoặc làng khác thành một thôn (như: xóm Thượng + làng Thư Cưu + xóm Bãi hợp thành đơn vị hành chính cấp xóm gọi là khu vực Thượng - Cưu - Bãi, hoặc gọi chung là xóm Thượng). Ngoài ra, cụm dân cư mới được hình thành ở chợ Cổ Loa cũng trở thành một đơn vị quản lý như một thôn gọi là khu phố Chợ Cầu Sa. Tóm lại, xã Cổ Loa ngày nay có 15 thôn/xóm với những tên gọi (tên cổ và tên hiện đại) như sau:
Bảng thống kê tên các thôn/xóm thuộc xã Cổ Loa
STT
Tên cổ
Tên hiện đại
1
Cầu Kì
Cầu Cả
2
Ngõ Thị
Xóm Chợ
3
Hậu Miếu
Xóm Chùa
4
Ngõ Rỗng
Xóm Dõng
5
Quán kê
Xóm Gà
6
Hương Nhai
Xóm Hương
7
Lam Trì
Lan Trì
8
Mạch Dương
Mạch Tràng
9
Viên Lôi Thượng
xóm Nhồi Trên
10
Viên Lôi Hạ
xóm Nhồi Dưới
11
Cự Nê
xóm Mít
12
Sằn
Sằn Giã
13
Thượng
xóm Thượng
14
Đa Bang
xóm Vang
15
Chợ Sa
Phố Chợ Sa
BAN QUẢN LÝ KHU DI TÍCH CỔ LOA