Từ Chợ Sa qua thôn Chợ đi về đền Thượng là đến địa phận thôn Chùa. Toàn bộ thôn Chùa hiện nay nằm trong vòng thành Nội, có địa giới giáp với các thôn:

- Phía bắc giáp thôn Dõng.

- Phía nam giáp thôn Mít.

- Phía đông giáp thôn Chợ.

- Phía tây giáp thôn Lan Trì.

Thôn Chùa có tên chữ là Hậu Miếu thôn, nằm trên một địa hình cao ráo, tương truyền có thế đất hình con rùa, với đầu rùa ở khu vực phía Đông (khu nhà văn hoá hiện nay), một bên chân rùa là nhà trưng bày; đền Thượng, đình Ngự Triều Di Quy, am Bà Chúa, điếm thôn Chùa nằm trên lưng rùa...

Thôn Chùa là một trong những xóm cổ xưa nhất của xã Cổ Loa. Khi xưa có hai cổng dẫn vào thôn: cổng chính ở phía Nam (chỗ cổng điếm bây giờ), tương truyền được xây từ thời Ngô Quyền, trước có tam quan xây gạch song đã bị phá trong thời cải cách ruộng đất, và cổng Am Thông ở phía Bắc làng, là cổng để nhân dân ra đồng sản xuất nông nghiệp.

Xưa xã Cổ Loa ban đầu được chia làm 3 giáp: Đông Nhất, Đông Nhì, Đông Tam, sau lập thêm giáp thứ tư là Đoài Tự. Trong đó thôn Chùa thuộc 3 giáp khác nhau (không rõ là giáp nào, chỉ biết trong đó một phần đất thôn Chùa và một phần thôn Chợ thuộc vào giáp Đông Nhất).

Việc phân chia giáp ở thôn Chùa được tiến hành theo khoảnh rặng tre, tức là phân chia theo địa vực. Mỗi giáp đều có ruộng riêng ngoài phần ruộng công của làng. Những người vào giáp đều được nhận ruộng như nhau, nhưng số lượng ruộng của mỗi giáp và số ruộng của các thành viên thuộc các giáp khác nhau lại không giống nhau. Số lượng ruộng đất của giáp nhiều hay ít là do làng cấp, cộng thêm số lượng ruộng gửi hậu của các thành viên vào giáp. Đoài Tự là giáp nhỏ nhất, ít số nhân khẩu nhất vì thế mà khẩu phần ruộng của mỗi thành viên lớn nhất. Ruộng công khi xưa của thôn Chùa kéo dài từ cầu Bà Đám đến địa phận thuộc thôn Mít bây giờ (phía tây, tây nam bên ngoài vòng thành ngoại, phía bắc thôn Mạch Tràng).

Đứng đầu mỗi giáp là một viên giáp trưởng, quyền lợi của giáp trưởng phụ thuộc vào sự giàu có của giáp, tức là phụ thuộc vào số ruộng đất của giáp ấy. Trưởng giáp không nhất thiết là người cao tuổi, song đó phải là người có uy tín, quán xuyến được những công việc của giáp, được thành viên trong giáp bầu ra. Mỗi giáp có điếm riêng của giáp, dùng làm nơi hội họp, giải quyết những công việc chung của giáp. Giáp lớn mạnh theo sự lớn mạnh của làng.

Theo quy định khi xưa của giáp thì 18 tuổi mới được vào giáp và muốn được vào giáp phải có đồ lễ mang lên điếm xóm trình các trưởng giáp và các cụ thượng, các lão trong xóm, sau đó  được gọi là thủ phiên. Thủ phiên sẽ được phép ra đình, có nhiệm vụ trải chiếu, đun nước mời các cụ, gọi là gia dân. Sau đó lần lượt được lên từ bàn nhất đến bàn năm, 50 tuổi được lên trùm, 60 tuổi được lên lão (khi làng có việc được ra Cầu Lão ngồi), 70 tuổi được lên thượng và 85 tuổi được lên cụ thượng, tất cả đều phải có đồ lễ mang ra điếm để được quan viên, các vị trưởng giáp, các cụ thượng trong làng thừa nhận. Lễ vật gồm có cau, chè, xôi gà, thuốc, rượu...Tuy nhiên, có người mới có 3 - 4 tuổi đã được bố mẹ mua giáp cho, nếu giáp cần tiền sẽ bán giáp non cho người nào muốn mua.

18 tuổi theo quy định của nhà nước phải đi lính, nếu không muốn đi thì phải nộp tiền cho giáp, vì vậy mà đi phu lính chủ yếu là những người nghèo, không có tiền nộp cho giáp. Chỉ những người đàn ông mới được vào giáp, phụ nữ không được vào. Những người đàn ông bị mắc tội, dù là nhỏ nhất cũng không được vào giáp. Giữa các giáp có sự ganh đua nhau để giữ các chức vụ quan trọng của làng. Mỗi khi nhận chức, người đó phải mang lễ vật đến lễ cụ tiên chỉ của làng.

Hoạt động của giáp ở thôn Chùa chủ yếu là làm tang ma cho các thành viên trong giáp, thu sưu thuế của giáp viên, chịu trách nhiệm trước làng về việc thuế của giáp. Tổ chức lễ hội cũng được phân bổ trách nhiệm theo đơn vị giáp: giáp phải lo chuẩn bị đồ tế lễ, cử người đi rước kiệu thánh... Trong dịp tết, giáp làm lễ tạ quan bản thổ ở điếm, chứng nhận những người đã lên lão, lên trùm, thành thủ phiên... Các gia đình không có con trai muốn đặt hậu thì ngoài đặt hậu ở đình, điếm, dòng họ còn có thể đặt hậu ở giáp.

Ngoài tổ chức giáp, thôn Chùa khi xưa còn chia theo đơn vị ngõ, bao gồm có 3 ngõ: Ngõ Trong, Ngõ Ngoài và Ngõ Giữa. Hai Ngõ Ngoài và Ngõ Trong chạy vòng quanh một phần xóm thành một vòng tròn và gặp nhau, Ngõ Giữa mới đặt thêm. Mỗi ngõ như thế xưa đều có miếu thờ riêng của ngõ. Nay chỉ còn lại miếu Ngõ Trong hay còn gọi là miếu Hàng Ngõ, miếu Cửa Bàn. Miếu Ngõ Trong ngày xưa dùng để cúng bái những cô hồn trong thôn, lâu ngày nhiều người đến cúng bái và truyền tụng nhau về sự linh thiêng của miếu.

Làng Cổ Loa xưa thường kết chạ với các làng: Đông Trù, Đông Tửu, Hội Phụ, Rừng Mành, Tam Trảo (Hà Bắc). Ngoài việc kết chạ với các làng khác, các thôn trong xã Cổ Loa còn kết chạ với nhau. Trong đó thôn Chùa được coi là anh Cả kết chạ với thôn Lan Trì (được coi là anh Hai), Nhồi, Hương, Vang, Mít.

Các dòng họ chính trong làng gồm họ Nguyễn (bao gồm Nguyễn Khả và Nguyễn Văn), Lại, Đỗ, Chu, Hoàng, Trương... trong đó lớn nhất là họ Nguyễn (chiếm khoảng 2/3 dân số cả làng).

Thôn Chùa nằm trọn vẹn phía bên trong thành Nội về phía tây, chiếm 1/2 tổng diện tích, được ngăn cách với thôn Chợ bởi con đường làng phía bên trái đình Ngự triều di quy. Khu vực thôn Chùa nằm trên vùng đất cổ xưa nhất, vùng đất trung tâm của xã Cổ Loa gắn với An Dương Vương và kinh đô nước Âu Lạc. Bởi  vậy trong thôn còn nhiều công trình kiến trúc tôn giáo liên quan đến huyền tích cố đô như: đình Ngự Triều Di Quy, chùa Cổ Loa, am Bà Chúa, đền Thượng…

 BAN QUẢN LÝ KHU DI TÍCH CỔ LOA