Ngôi chùa có tên theo Hán tự là “Bảo Sơn Tự” (chùa Bảo Sơn), thường được gọi theo địa danh thôn là chùa Cổ Loa, thuộc xã Cổ Loa - huyện Đông Anh - thành phố Hà Nội.

Chùa Cổ Loa nằm trên khu đất gần giữa thành Nội, sau đình “Ngự triều di quy”, chỉ cách nhau một khoảng sân hẹp. Đây là khu đất rộng gần 10.000m2 có 3 di tích đình, am Mỵ Châu và chùa Cổ Loa. Các di tích này đều xây theo hướng Nam, nhìn ra cửa Nam thành Nội. Vì thế, Chùa Cổ Loa ngay sau hậu cung đình, không có tam quan và lối đi riêng phía trước, mà có lối đi riêng - cổng mở ra đường ngõ xóm ở phía đông; Tam quan, sau này xây theo hướng bắc. Vì ngôi chùa được xây dựng từ khá lâu đời, thế kỷ XVII, nên xóm này được gọi là xóm Chùa, chùa ở đầu phía đông của xóm.

Chùa Cổ Loa có bố cục mặt bằng tổng thể theo kiểu “Nội công ngoại quốc” gồm nhiều toà nhà có sự liên kết với nhau: Điện thờ Phật ở chính giữa, phía trước là tiền đường, phía sau là Phật điện là nhà Tổ, hai bên là hai hành lang nối liền từ Tiền đường với khu nhà Tổ. Riêng Tiền đường liên kết với Thượng điện, tạo thành một kiến trúc theo kiểu chữ “Đinh”. Phần Thượng điện không liền mái với hành lang và nhà Tổ mà cách nhau chừng một mét. Nhà tổ được làm theo hưướng bắc, quay ra sân sau, từ đây có thể đi ra công phụ, phía đông chùa.

Khu vực phía sau có cốt nền thấp hơn nếu so với nhà Tổ và Thượng điện. ở đây có Tam quan - gác chuông được xây dựng chỉ cách đây khoảng 50 năm, theo hưướng bắc, quay ra phía vườn, ao sau chùa; Hai bên sân, gần sát dãy tường rào là hai kiến trúc dùng làm nơi ở và tiếp khách của nhà chùa.

Các kiến trúc của chùa Cổ Loa được làm bằng gỗ theo thể thức truyền thống với bộ khung gỗ, mái lợp ngói ta kiểu “Mũi hài” các góc đao cong trên kiến trúc chính có tường bao phía ngoài, ở hai bên hành lang và ba mặt toà Thượng điện.

Kết cấu các bộ vì kèo gỗ của các toà nhà Tiền đường, Thượng điện và nhà Tổ theo kiểu “Thượng chồng rường giá chiêng, hạ kẻ bẩy”, với bốn hàng chân cột. Các bộ vì của hành lang, đơn giản hơn và chỉ có hai hàng cột.

Toà Tiền đường có 5 gian 2 dĩ, phần khung mái đấu nối với Thượng điện ở đoạn giữa, mặt trước các gian chính là dãy cửa bức bàn được làm theo kiểu “Thượng song, hạ bản”. Hai đầu nối với tường hồi được xây bịt và có ô cửa thông gió ở nơi tường hồi hai dãy hành lang. Tên chùa “Bảo Sơn Tự” bằng chữ Hán được đắp trong khuôn bức đại tự kiểu Tam cấp phía trên, chính giữa bờ nóc mái. Toàn nhà Tổ phía sau thượng điện, cũng có kết cấu và bố cục mặt bằng như Tiền đường, chỉ khác ở hướng chính với dãy cửa bức bàn, quay về phía bắc hai bên hành lang, mỗi bên 6 gian, đấu mái với tiền tế và nhà Tổ nhưng không chúng mái với toà thượng điện, cũng như nhà Tổ vậy.

Gác chuông là một kiến trúc đơn giản kiểu 2 tầng 4 mái, tường xây kít đốc, 4 cột cái bằng gỗ chịu lực cho cả sản lầu và mái trên.

Có tới 134 pho tượng bài trí tại toà thượng điện, đại bái, 2 dãy hàng lang tại thượng điện: Được bố trí 7 lớp tượng, từ cao xuống thấp (từ trong ra ngoài) như sau:

+ Tam thế: hiện đại, quá khứ, vị lai
+ Di đà Tam Tôn: A di đà, Quan âm Bồ tát, Đại thế trí bồ tát
+ Quan âm chuẩn đề, có 2 pho Thị giả đẩu
+ Hoa nghiêm Tam thánh gồm Bồ tát và Kim Đồng, Ngọc nữ 2 bên
+ Ngọc hoàng, 2 bên có Nam Tào, Bắc Đẩu
+ Cửu Long, Thích ca sơ sinh và Đế Thiên, Đế Thích.
+ Ngoài ra có 2 tượng phật ngồi toà sen ở 2 bên.

Trong các pho tượng ở thượng điện thì tượng Di đà được tạo tác khá đẹp, kích thước lớn nhất: tượng ở tư thế ngồi 2 chân xếp bằng kiểu ngồi thiền, 2 bàn tay để lồng nhau trên lòng đùi theo thế ấn “tam muội”, với vẻ mặt trầm ngâm, suy tư, mắt hơi nhắm, mũi dọc dừa, tai to chảy dài, cổ cao ba ngấn, tóc xoắn ốc, ngồi trên bệ cao 0,50m, tượng cao 1,5m. Đây là pho tượng được chế tác bằng gỗ mít, cũng như 3 pho Tam Thế, có đặc điểm phong cách nghệ thuật thế kỷ XVIII.

Cũng ở trong Phật điện, được thờ ở 2 bên là các tượng (từ trong ra ngoài, đặt đối xứng nhau).

- Quan Âm Nam Hải, Quan Âm Thị Kính
- Thổ địa, Địa Tạng
- 4 tượng Tứ Trấn (2 tượng 1 bên)
- Thập điện Diêm Vương (5 tượng 1 bên)

Tại Đại Bái, được bày đối xứng nhau là các pho:
+ Đức Ông, Đức Thánh tăng
+ Khuyến thiện, Trừng ác
+ 8 pho Hộ pháp (mỗi bên 4 pho) - “Bát Bộ Kim cương”.

Đây là các pho tượng thổ được tạo tác trong tư thế khá sinh động. Hai pho “Khuyến thiện” và “trừng ác” có độ cao tương đương nhau (2,5m), pho “trừng ác” được thể hiện ở tư thế ngồi trên lưng một con lân (trong như 1 con sư tử). Tay cầm long đao, mình mặc giáp phục, vẻ mặt dữ dằn. Pho “Khuyến thiện” thì được thể hiện có bộ mặt ngược lại: rất hiền từ, ngồi trên lưng con sấu, tay cầm “viên ngọc giáo hoá”. (Thực ra lân, sư tử, nghê, sấu, long mã tuy hình dạng có biến đổi khác nhau nhưng thường mang một tính chất là vật linh, biểu hiện một sức mạnh của tầng trên, có trí tuệ và kiểm soát tâm hồn người hành hương, hỗ trợ phật pháp).

- Tại hai dãy hành lang: có tất cả 24 pho tượng gồm: Thập bát tổ truyền đăng (18 pho), Tứ vị Bồ Tát và 2 tượng Thích ca viên tịch tức nhập Niết bàn và Tuyết Sơn.

Các pho này đều là tượng thổ, được tạo tác khá sinh động, có niên đại cuối thế kỷ XIX mới được sửa và sơn thiếp lại vào năm 1997.

Tượng thờ ở nhà thờ Tổ, phía sau Thượng điện, được đặt ở 3 gian chính.

Ban thờ gian chính giữa thờ mẫu Liễu Hạnh - vị Thánh mẫu được thờ ở nhiều nơi theo tục thờ Mẫu ở nước ta, ngay cả trong các chùa làng.

Gian phía đông có ban thờ Đức thánh Trần (Trần Hưng Đạo) cũng là một nhân vật nổi tiếng trong lịch sử chống xâm lược của dân tộc ta thời Trần thường được thờ trong các nơi thờ Mẫu trong khoảng thế kỷ XVIII đến nay, với tư cách là một Thánh nhân.

Ban thờ ở gian phía tây đặt tượng thờ Sư tổ của chùa này cũng như các vị sư đã từng tu ở đây. Hàng năm, nhà chùa vẫn tổ chức lễ giỗ tổ vào ngày 5/10 âm lịch.

Các tượng thờ tại nhà Tổ - nhà mẫu nói chúng đều có kích thước nhỏ, dáng vẻ bình dị với lối tả cùng màu sắc đậm đà - màu xanh quê hương, rừng núi. Đây cũng là cách thể hiện tâm thức dân giã, thường thấy trong các điện thờ Mẫu.

Cho đến nay, trừ gác chuông và khu vực vườn ao phía sau, các công trình kiến trúc cũng như tượng thờ ở chùa Cổ Loa đã được tu bổ trở nên chắc chắn, đẹp đẽ khang trang.

Chùa Cổ Loa, ngôi chùa khá cổ kính, nơi lưu giữ được nhiều giá trị nhân văn, giá trị nghệ thuật tạo hình kiến trúc - văn hoá - lịch sử chắc chắn sẽ phát huy được những giá trị cao đẹp vốn có của mình một cách sâu sắc và quảng đại.